{"repo":"shangshanzhizhe/Work_flow_of_population_genetics","free":true,"listed":false,"github":"https://github.com/shangshanzhizhe/Work_flow_of_population_genetics","clone":"git clone https://github.com/shangshanzhizhe/Work_flow_of_population_genetics.git","description":"整理常用的群体遗传学分析流程和脚本","language":"Perl","stars":122,"topics":["workflow","bioinformatics"],"license":"MIT","category":"workflow-automation","readme_excerpt":"Work flow of population genetics 记录相关流程和脚本方便自己和大家参考，佛系更新，独木难支，欢迎志同道合的小伙伴加入！ 这个repo已经开通Discussion版块，希望可以成为大家学习交流的平台 贡献者们 下一步 - [ ] 测试和更新bwa-mem2/minimap2比对流程 - [ ] 测试和更新二代测序SV鉴定流程 下亿步 - [ ] 下一步：将一些流程写为snakemake workflow - [x] SNP calling Snakemake 流程已经完成 - [ ] 下一步：将以下一些流程装进conda 更新记录 - 2022.5.16 更新了使用二代测序数据检测结构变异的流程，基本思路是使用不同软件对每个个体的SV进行鉴定，然后将SV全部合并为一个文件，之后再根据所有样本的比对结果确定SV的基因型。感谢兰州大学博士研究生安绚的整理。 - 2024.1.19 感觉国外念个书人念癫了，后面更多更新一下相关流程里面踩的坑吧，随便写写。老外科研发达的原因我感觉是：国内：我算了个表示分化的Fst；国外：Fst什么原理？为什么在这个场合下用Fst？Fst比其他参数好在哪里？ - 2024.5.30 开坑--泛基因组生成和变异鉴定；现有的泛基因组组装方法分为三类：1）通过 genome progressive alignment得到的图形泛基因组；2）De novo注释一组基因组的编码基因，然后通过比较得到基因集合；3）组装完一个参考基因组以后，通过不断比对WGS样本，将未比对上的序列作为参考序列进行下一轮比对。这里是我正在用的第一种方法，代表工具是cactus和vg 目录 - 生物信息工具——我的关注 - 常用数据处理Tips - 重测序和群体遗传 - 变异鉴定和变异特征 (snakemake自动化) - 序列过滤和比对 - Nanopore 测序结果过滤:Nanoflt - Nanopore 测序结果可视化:NanoPlot - 获得遗传变异信息以及质量控制 - 比对特征统计 - VCF文件注释 (@Weihan Zhang) - 群体历史推测 - MSMC算法 - PSMC算法 - 群体关系计算 - King计算个体间亲缘关系 - PCA分析群体结构 - 泛基因组组装和变异检测 - 结构变异检测和群体遗传 结构变异的检测，在模式生物中研究很多，很多结果也很漂亮，但是在非模式生物中尚未形和SNP一样的模式化流程，没有什么是“正确的”，我们只能尽量让它准确。流程也是我自己摸索的结果，仅供参考。 - 二代测序 结构变异检测 - 三代测序 结构变异检测 - 我之前用过的 - 2024.1 -- 现在我觉得还是得用sniffles2 这玩意简单，这儿没流程，bam直接vcf，需要用二代在群体genotyping的看看Graphtyper。注意假阳性，假阳性还是蛮高（蛮高哦）；对超大inversion感兴趣的还是用SNP做local PCA，或者两个高质量基因组比对--我目前自己在做这个，等发出来了（？）写个中文版本，在这之前想要流程给我写个邮件？ 基于三代SV的结构变异鉴定可以参考Jasmine。我一直关注它从一个小工具成长为一个完整的流程，但是未能自己尝试使用，使用后可以更新流程。 （2024.1 -- 我好久不用了） - Nanopore测序数据甲基化检测 - 植物基因组组装和个性化分析 (以花苜蓿基因组学研究为例) - 相关流程和命令行","default_branch":null,"files":null,"tree":[],"storefront":"/r/shangshanzhizhe","claimed":false,"request_supported":{"post":"https://gitbuyer.com/r/shangshanzhizhe/Work_flow_of_population_genetics/request-supported","requests":0},"note":"indexed from public GitHub; nothing is for sale on this page. Clone it from GitHub. Paid listings live at /search."}