{"repo":"jianzushen/Computational-chemistry-skill","free":true,"listed":false,"github":"https://github.com/jianzushen/Computational-chemistry-skill","clone":"git clone https://github.com/jianzushen/Computational-chemistry-skill.git","description":"An AI-assisted workflow for computational chemistry planning, model design, input generation, result analysis, and reproducible manuscript preparation.","language":"Python","stars":19,"topics":["ai-skill","computational-chemistry","density-functional-theory","hpc","materials-science","quantum-chemistry","reproducible-research","research-tools","scientific-computing","workflow-automation"],"license":"MIT","category":"workflow-automation","readme_excerpt":"Computational Chemistry Skill 面向计算化学研究的分阶段方案设计、浏览器审查、计算准备、结果分析与科研说明工作流 快速开始 · 完整工作流 · 浏览器审查 · 方案编辑 · 使用边界 Computational Chemistry Skill 将研究目标、实验现象、结构信息、软件条件和计算限制转换为可审查、可追踪的计算化学工作流。它不只生成参数或输入文件，而是围绕科学问题建立“研究目标—计算任务—证据要求—实际输入输出—分析结论—论文说明”的完整来源链。 该 Skill 适用于计算化学、量子化学、材料模拟、体相、表面、缺陷、吸附、界面和分子模拟研究。普通用户通过自然语言与结构化表单完成方案修改，不需要理解 JSON；技术用户可使用高级 JSON 模式检查或调整完整结构化数据。 核心能力 能力 说明 --- --- 科学问题拆解 将研究目标拆分为相互独立、能够形成证据链的计算任务，避免不同计算重复说明同一问题 模型与结构设计 设计体相、表面、缺陷、吸附和界面候选，并记录结构来源、构建规则和审批状态 计算方案设计 明确使用什么软件、什么模块、计算什么参数，以及该参数能够支持或不能支持哪些结论 渐进式信息采集 简单需求先逐步确认目标、结构、软件版本、运行环境、所需文件和关键参数，资料完整前不生成文件 输入文件准备 审查确认后只生成目标软件必需的文件和唯一的 README.md ；提交脚本仅按需生成 浏览器终审 信息完整后生成固定的 .review/review.html ，修改时覆盖同一文件，自动打开失败不阻断流程 受控 PowerShell 7 Windows 操作可使用带固定非交互参数和超时的 pwsh ，但它不是科学分析或流程推进的单点依赖 高级项目追踪 已初始化的高级项目可显式使用不可变版本、内容哈希、证据链和项目控制记录 结果验收 检查用户返回的真实输入、输出、日志、结构和数据是否完整、有效且可比较 数据处理指导 用户不知道如何处理数据时，先给出编号化教程；用户上传处理后数据后，再进行针对性分析 科研结论与写作 根据真实计算记录生成分析结论、计算方法、论文说明、证据边界和来源追踪 软件合规说明 如实记录商业软件及版本，同时提供开源软件复现或迁移建议，不篡改真实结果来源 完整工作流 需要表面/界面候选、不可变版本、哈希审批、跨阶段来源追踪或归档的用户，可显式启用高级项目流程。高级流程保留原有阶段 2.1–5 及其实际脚本，但不是简单需求的默认入口。 阶段说明 阶段 1：科学问题与计算方案 阶段 1 先通过对话逐步明确研究目标、结构或已有文件、软件及版本、运行位置、环境加载方式、所需交付文件、需要回传的结果文件和关键参数。用户只需要输入文件时，不询问无关的调度资源；只有请求提交脚本时才采集 Slurm 等资源参数。 在资料完整和一致性检查通过前，不生成审查页面、计算参数文件或审查记录。简单一句“帮我用 CP2K 优化这个结构”会进入询问，而不会直接生成文件。 每项任务都明确记录：使用的软件与模块、研究体系、直接计算参数、参数所代表的物理或化学性质、能够支持的结论、不能支持的结论、前置依赖、与其他任务的相互佐证关系、优先级和预计成本。 阶段 2.1：表面、缺陷或基础模型 根据已经批准的科学问题构建候选模型，记录晶面、终止方式、层数、真空层、超胞、固定层、缺陷、掺杂、官能化、净电荷、自旋状态和结构来源。用户批准候选后，才进入后续组合模型设计。 阶段 2.2：吸附或界面模型 在已批准基础模型上处理晶格匹配、旋转、应变、平移、","default_branch":null,"files":null,"tree":[],"storefront":"/r/jianzushen","claimed":false,"request_supported":{"post":"https://gitbuyer.com/r/jianzushen/Computational-chemistry-skill/request-supported","requests":0},"note":"indexed from public GitHub; nothing is for sale on this page. Clone it from GitHub. Paid listings live at /search."}